平行志愿在一定程度上降低了志愿填报风险，减轻了考生和家长的心理压力。不过，不少考生和家长对平行志愿的投档原则了解不透彻，误以为平行志愿就没有风险了。其实不然，平行志愿仍存在风险，其中最大的风险就是“退档后只能参加下一轮录取”。
那么，这个风险是怎样形成的呢?这就要从平行志愿的投档规则说起。平行志愿采用“分数优先，遵循志愿，一轮投档”的投档规则。投档时，同一批次线上所有考生先按高考分数从高到低排序，再由计算机对考生所填报的平行志愿学校逐一进行检索，并投档到排序在前且有计划余额的学校。比如说，某考生所报志愿为A、B、C、D等四所院校，录取时，批次线上考生先按分数大排队，然后由计算机逐一检索考生志愿，如果考生填报的A志愿校符合投档条件，则投档到A院校，完成投档;如果不符合A院校的投档条件，则检索B志愿校，若符合投档条件，将投向B院校，依此类推。
考生档案投进院校后是否意味着就一定会被录取呢?不一定，这要看考生填报的志愿是否科学合理。如：当考生档案投到A院校后，如果填报都是分数较高的热门专业，但本人成绩达不到所选报专业的要求，或由于单科成绩低、身体条件受限等不符合院校的录取要求，且不服从专业调剂，则这名考生将被院校退档。
考生被A院校退档后，能否再投到B院校呢?不能。因为，平行志愿的投档规则是“实行一次性投档”。因此，考生一旦因各种原因被高校退档，即使他的投档分超出后续高校的调档线，也不能被投档，只能参加下一轮投档录取(下一志愿组、本批次征集志愿或下一批次)。换句话说，同一批次平行志愿里虽然可填报多所高校志愿，但考生档案只投一次，实际只是一个志愿起作用。
造成退档的原因很多，除了总分偏低等因素外，最主要的原因是不服从专业调剂。这是招办老师们的共识。去年，在海南省一批次平行志愿投档中，有427名考生被退档。其中大部分是因为“所报专业已满，不服从专业调剂”而被退档的，仅有少数因体检“专业受限”或体检“不合格”而被退档。
